تأسس إتحاد الجامعات السودانية في نوفمبر 1995م ليضم كل مؤسسات التعليم العالي الحكومية والأهلية وذلك بهدف تحقيق اهداف التعليم العالي في إعداد وتنمية القدرات البشرية وترقية البحث العلمي وخدمة المجتمع، ودعم التعاون والتنسيق بين الجامعات في شتي المجالات، هذا وقد بلغت عضوية الإتحاد حتي العام(2016) أكثر من 92مؤسسة تعليمية وبحثية. ظل الإتحاد منذ تأسيسه وحتي تاريخ اليوم مستضافاً ومرحبا به في جامعة الخرطوم في مكاتب ملحقة بمكتب السيد مدير الجامعة وبأمانة الشؤون العلمية وبكلية الهندسة. ويسعى الاتحاد في امتلاك قطعة ارض في الخرطوم لتكون مقرا دائما له